Les personnes intolérantes au gluten sont incapables de digérer une protéine présente dans certaines céréales, comme le blé, le seigle, l'orge et l'avoine. C’est une forme d’allergie, c’est-à-dire une réaction inappropriée du système immunitaire, au niveau intestinal, qui ne se manifeste que si la personne mange des aliments contenant du gluten. L'ingestion de gluten endommage les replis de la paroi intestinale qui permettent l'absorption des aliments. C'est pourquoi cette intolérance s'accompagne souvent de carence en vitamines et en minéraux. La surface de l'intestion devient inflammée. Cette maladie peut difficilement passée inaperçue lorsque les symptômes sont importants.

Il y a une prédisposition génétique pour cette maladie. Si 20 à 30% de la population est porteuse du gène en cause, tous ne souffriront pas de cette maladie. Comme pour plusieurs autres allergies, un individu peut avoir passé plusieurs années de son existence sans aucun problème et soudainement développer des symptômes. L'événement déclencheur n'a pas été identifié de manière claire, mais on soupçonne les infections intestinales bactériennes ou virales.

On considère cette réaction au gluten comme une maladie lorsque les symtômes sont aiguës. Environ 1 personne sur 3000 en serait atteints, mais jusqu'à 1% de la population ont des réactions légères au gluten. D'origine génétique, la maladie cœliaque s'accompagne parfois d'une intolérance au lactose. Les hommes et les femmes en sont atteints dans les mêmes proportions et peut importe leur âge. Plusieurs cas sont dépistés chez les bébés, au cours des semaines qui suivent l'introduction des aliments solides tels que les céréales et les biscuits.